ตำแหน่งไฟล์
/opt/ohpc/pub/apps/WRF/
/opt/ohpc/pub/apps/WRF-Chem
ถ้าใช้เวอร์ชั่นที่คอมไพล์ด้วย intel ให้สั่ง
module swap gnu9 intel
จากนั้นโหลด netcdf
module load netcdf
ถ้าใช้ intel ต้องสั่งคำสั่งต่อไปนี้ก่อนด้วย
ulimit -l unlimited
ulimit -s unlimited
export KMP_STACKSIZE=20480000000
source /opt/ohpc/pub/apps/openfoam/OpenFOAM-10/etc/bashrc
สร้างสภาพแวดล้อม python (ในตัวอย่างสร้างสภาพแวดล้อมชื่อ test)
module load anaconda3
conda create -n test python=3.7
กำหนดไม่ให้ค่าเริ่มต้นใช้งานสภาพแวดล้อม base (สั่งครั้งเดียว) และกำหนด shell ในสภาพแวดล้อมเป็น bash จากนั้น logout และ login ใหม่
conda config --set auto_activate_base False
conda init bash
exit
ssh [username]@erawan.cmu.ac.th
เข้าใช้งานสภาพแวดล้อมที่สร้าง
conda activate test
python --version
ติดตั้ง software ในสภาพแวดล้อม (ในตัวอย่างทำการติดตั้ง numpy)
conda install numpy
หรือ
pip3 install numpy
หากต้องการลบสภาพแวดล้อมใช้คำสั่ง (ในตัวอย่างลบสภาพแวดล้อมชื่อ test)
conda env remove -n test
ตัวอย่างการเรียก slurm script
#!/bin/bash
#SBATCH --gpus=1
#SBATCH -o test.%j.out
#SBATCH --job-name=mytest
#SBATCH --partition=cpu
# module load anaconda3
source $HOME/.bashrc
conda activate test
python --version
เขียนไฟล์ Job script
vi runCP2K
—-------------------------------------------------------------------
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name= cp2kgpu # create a short name for your job
#SBATCH -p gpu # specific partition (compute, memory, gpu)
#SBATCH -o cp2k.%j.out # Name of stdout output file (%j expands to jobId)
#SBATCH --ntasks=200 # number of tasks per node
#SBATCH --time=05:00:00
singularity run --nv /opt/ohpc/pub/apps/singularity/cp2k_v9.1.0.sif prun binder.sh cp2k.psmp -i H2O-dft-ls.NREP2.inp
จากตัวอย่าง Job script เป็นการรันซอฟต์แวร์ CP2K ผ่าน singularity
รัน Job script ที่เครื่อง erawan
sbatch runCP2K
Application software ที่ต้องรันผ่าน singularity
- CP2K
module load singularity
singularity pull docker://nvcr.io/hpc/cp2k:v9.1.0
mv cp2k_v9.1.0.sif /opt/ohpc/pub/apps/singularity/
- Clara Train SDK
module load singularity
singularity pull docker://nvcr.io/nvidia/clara-train-sdk:v4.1